1999年8月16日，香港科技大學、北京大學和深圳市政府三方攜手，在深圳高新區共同創建北京大學香港科技大學堔圳研修院（深港產學研基地），是香港、深圳以及中國內地頂尖大學合作的重大突破。

研修院繼續在研究、發展和新晉人才教育方面肩負關鍵角色。

約在20年後的2018年，科大與北京大學領導多家香港和北京的大學聯合建立了京港大學聯盟，延續了兩個城市各家大學的深厚聯繫。