1999年8月16日，香港科技大学、北京大学和深圳市政府三方携手，在深圳高新区共同创建北京大学香港科技大学堔圳研修院（深港产学研基地），是香港、深圳以及中国内地顶尖大学合作的重大突破。

研修院继续在研究、发展和新晋人才教育方面肩负关键角色。

约在20年后的2018年，科大与北京大学领导多家香港和北京的大学联合建立了京港大学联盟，延续了两个城市各家大学的深厚联系。