2007年1月，香港科技大学霍英东研究生院于广州南沙成立，成为科大第五个学院，也是南沙首家及唯一家非本地资助的研究生院。研究生院下设八间研究中心及两所中央研究设施，专注于电子、资讯科技及通讯、先进工具材料，以及能源及环境科技。

霍英东研究院于同年在南沙成立，自此一直都是科大面向内地最重要的知识转移及推进平台，从事创新研究、产品及流程发展、培训、创业及商业化。

研究生院其后负责管理科大所有位于广州、深圳和佛山的内地知识转移机构，包括霍英东研究院、香港科技大学深圳研究院、港科大研究开发（深圳）有限公司，及佛山香港科技大学LED-FPD工程技术研究开发中心。

科大（广州）的校园同样位于南沙。有鉴于清水湾与广州两个校园研究生教育的高速演进，霍英东研究生院于 2019-20年开始负责两个校园的研究生教育，以在“港科大一体，双校互补”的框架下加强整合。